Самир и Айдын Алекперовы являются одними из футболистов, проведших наибольшее количество матчей среди братьев, выступивших за «Нефтчи». В целом, Самир занимает особое место среди футболистов, сыгравших за «Нефтчи». Самир, который в отличие от брата, успел выступить в составе «Нефтчи» ещё во времена СССР, уже в то время смог проявить себя как талантливый нападающий. В истории наших национальных чемпионатов он проявлял свои бомбардирские качества, и считался одним из лидеров «Нефтчи». Самир Алекперов, являющийся одним из снайперов нашего первого национального чемпионата, был избран лучшим футболистом года.  Его голы, забитые в первом чемпионате в 1992 г., сыграли огромную роль в завоевании «Нефтчи» золотых медалей.

1992 год успешно сложился и для Айдына, и он тоже завершил тот сезон с титулом.  Однако, разница в том, что Айдын в то время выступал не за «Нефтчи», а за другого представителя Баку – команду «Иншаатчы», в составе которой он завоевал кубок страны. Любопытно, что в полуфинальном матче за кубок братья Алекперовых были соперниками, и «Иншаатчы» победил именно «Нефтчи».  После распада «Иншаатчы» Айдын тоже перешёл в «Нефтчи», что стало фундаментом выступления братьев в одной команде. Совместное выступление Алекперовых за «Нефтчи» сложилось успешно, и завоевание титулов продолжилось. Айдый увеличил количество кубков в «Нефтчи», и завоевал его два года подряд – в 1994 и 1995 годах, но на этот раз вместе с Самиром. В сезоне 1995/96 братья Алекперовых вместе испытали радость чемпионства. По завершении того сезона «Нефтчи», представляющий нашу страну в Кубке УЕФА, встретился в Баку с болгарским «Локомотивом», и этот матч стал особо запоминающимся для братьев Алекперовых: Самир дал голевой пас, а Айдын получил красную карточку за удар соперника. 

Впервые «Нефтчи» выступил на Еврокубках в 1995 г. в Кубке Кубков, но в матче против клуба «АПОЭЛ» из Южного Кипра третье подряд выступление братьев Алекперовых на турнирах континентального масштаба не состоялось. Хотя, в первом квалификационном раунде Лиги Чемпионов флагман встречался с польским клубом «Видзев».  Однако, после скандального сезона 1996/1997 в команде, выступившей против АФФА, произошёл раскол, что не могло не отразиться на дальнейшей карьере братьев. Слова, высказанные Самиром тогдашнему президенту АФФА Фуаду Мусаеву, стали причиной его двухгодичного наказания, что нанесло тяжёлый удар его футбольной карьере. Самиру пришлось довольствоваться лишь тренировками, и лишение игровой практики сказалось на его дальнейшем выступлении на зелёном поле.  «Нефтчи», не отказавшийся от Самира за период отбывания наказания, по завершении этого периода пользовался его услугами нечасто. Футболист, забивший в составе «Нефтчи» наибольшее количество голов (138), ставший чемпионом Азербайджана (1992, 1996, 1997), обладателем кубка (1996) и Суперкубка (1993) Азербайджана, признанный лучшим футболистом Азербайджана (1991, 1992, 1993) и лучшим бомбардиром чемпионата страны (1993), покинул родную команду в 1999 г.

Свою тренерскую деятельность Самир Алекперов также начал в «Нефтчи». Тренируя команду с 2002 по 2006 год, он стал победителем чемпионата страны (2004, 2005) и Кубка Азербайджана (2004).